卒後3〜5 年次の研修によって消化器内科医としての基礎的知識・技術の習得を目的とする。日本内科学会認定医、日本消化器病学会専門医、日本消化器内視鏡学会専門医などの資格を可能とするような研修を行う。学位取得を希望する者は社会人大学院枠でのコースを選択することも可能である。

1. 上部消化管（食道、胃・十二指腸）、下部消化管（大腸）、小腸内視鏡、肝胆膵系の内視鏡研修、および超音波検査などを総合的に研修する。
2. 各種内視鏡検査をはじめ消化器疾患に関わる各種検査における患者管理、検査後の患者管理の基本を習得する。
3. 各グループにおける研修
   以下の研修を行う。
   (1) 外来診療の研修。指導医の内科診療について診察、診断、治療計画を学ぶ。
   (2) 上部・下部消化管内視鏡検査手技の習得、超音波検査（勤務スケジュールに組み込む）
   (3) 緊急内視鏡検査（上部・下部）を指導医のもとで行う。
   (4) 肝胆膵の検査・処置はルーチンではなく、症例ごとに各グループで行う。
4. 学会発表は担当指導教官の指導下に抄録の書き方、発表方法を学ぶ。
5. 論文執筆は症例報告から順に指導医のもとで書き上げる。
6. 希望に応じて他科研修（麻酔科、放射線科など）も検討する。